Galerie byla otevřena v roce 1999 pod názvem Millennium a na zajišťování provozu bylo založeno stejnojmenné občanské sdružení. V polovině roku 2000 díky neshodám v koncepci dalšího směřování a fungování těchto výstavních prostor dostalo občanské sdružení z prostor výpověď a došlo k přejmenování galerie.

 

Galerie Navrátil dává prostor renomovaným i méně známým umělcům, kteří se snaží výtvarnými prostředky reflektovat současnost a v jejichž díle je přítomna snaha po jisté společenské naléhavosti uměleckého sdělení. To znamená, že galerie se nebude bát vystavit také neznámé, ale zajímavé autory, pohybující se na okraji žánrů a takové, kteří se věnují aktivitám v umění mimo pozornost oficiálního zájmu. Cílem je vytvořit alternativní prostor, v němž se budou střetávat rozdílné myšlenky, odlišné výtvarné názory i individuální společenské a umělecké postoje a to bez ohledu na místo, region i hranice. Charakteristickým rysem galerie je otevřenost k nejrozmanitějším projevům současného umění. Galerie také nakupuje a přijímá do prodeje obrazy, kresby a plastiky zajímavých autorů.

 

Galerie v roce 2008 ukončila činnost v Tomášské ulici a v březnu 2010 otevřela v nových prostorách.