Myšlenka založení umělecké akademie v Praze se objevila již v období vrcholného baroka, kdy o její zřízení neúspěšně usilovala v letech 1709–1711 skupina pražských umělců. Teprve na konci století, v atmosféře osvícenské podpory umění a vzdělanosti došlo v roce 1796 k ustavení společnosti vlasteneckých přátel umění, která nejprve zakládá Obrazárnu s kopistickou školou (z které se později vyvinula dnešní Národní galerie v Praze) a brzy na to i kreslířskou akademii. Ta byla zřízena císařským dekretem z 10. září 1799 a svoji činnost zahájila roku 1800 jako nejstarší umělecká škola v českých zemích. Její profil se brzy rozšířil o školu krajinné malby a grafickou dílnu. Od poloviny století se výuka na Akademii obohatila o přednášky z teoretických předmětů a přechodně i o výuku architektury. K zásadní reformě instituce došlo zásluhou Julia Mařáka, který inicioval významné posílení profesorského sboru o osobnosti typu Vojtěcha Hynaise a Václava Brožíka, zřídil první sochařskou školu vedenou Josefem Myslbekem a posléze dosáhl v roce 1896 zestátnění školy. Spektrum výuky rozšířily v roce 1910 grafická škola Maxe Švabinského a architektonická speciálka Jana Kotěry. V té době již Akademie natrvalo zakotvila po letech provizorií v nové budově na Letné, vybudované podle projektu architekta Václava Roštlapila v letech 1897–1903, jejíž generální rekonstrukce byla dokončena v roce 1998. V jejím sousedství vznikla podle projektu Jana Kotěry a Josefa Gočára v letech 1922–1924 budova školy architektury. Již od roku 1892 a trvale potom od roku 1945 získala Akademie pro své potřeby i prostory budovy tzv. Moderní galerie, vybudované v areálu výstaviště v rámci Zemské jubilejní výstavy v roce 1891 architektem Antonínem Wiehlem. V roce 1926 získala Akademie jako první v Československu statut vysoké umělecké školy. V roce 1945 založil Bohuslav Slánský při Akademii školu restaurování malířských výtvarných děl.
 
Mezi pedagogy Akademie patřili vedle výše zmiňovaných osobností další významní čeští umělci jako například Karel Postl, Antonín Mánes, Jan Preisler, Jan Štursa, František Kupka, Wili Nowak, Vratislav Nechleba, Otakar Nejedlý, Otakar Španiel, Bohumil Kafka, T. F. Šimon, Antonín Matějček, V. V. Štech, Jaroslav Fragner, Vladimír Sychra, Vincenc Makovský, Jan Lauda, Karel Pokorný, Karel Hladík, František Cubr, Karel Souček, Jiří John, Jan Smetana a mnozí další. Akademií výtvarných umění prošli jako žáci umělci, kteří formovali českou výtvarnou kulturu v průběhu století. Přes tradičně konzervativní charakter výuky představovala Akademie v průběhu svého vývoje hodnoty, vůči nimž se vymezovaly nastupující umělecké generace. Období progresivního rozvoje střídaly etapy ideologického diktátu a ztráty kontaktu se soudobým výtvarným vývojem. Zásadní reformy, připravované a neuskutečněné v roce 1968, se Akademie dočkala až roku 1990, kdy byla pod vedením nově zvoleného rektora Milana Knížáka zcela proměněna její koncepce, struktura i pedagogický sbor.
 
Spektrum výuky bylo rozšířeno o nové ateliéry jako např. intermediální, konceptuální, socha-instalace, kresba. Přitom byla důsledně zachována i posílena existence klasicky orientovaných ateliérů a respektována nutnost zachování nabídky zahrnující přístupy jak tradiční, tak i experimentální. Na této totální diferenciaci názorů a podpoře co nejširšího spektra uvažovaných uměleckých prostředků vznikla obrozená Akademie, jejíž principy uvedl do praxe zcela nově konstituovaný pedagogický sbor, který tvořil např. Karel Malich, Stanislav Kolíbal, Hugo Demartini, Ladislav Čepelák či Bedřich Dlouhý. V roce 1990 vznikla škola restaurování výtvarných děl sochařských a konečně roku 1991 nejmladší škola nových médií orientovaná především na videoart a computerovou animaci. Další změny přirozeně nastaly proměnami pedagogického sboru např. vznikem ateliéru monumentální tvorby, ateliéru vizuální komunikace či oddělení medailérské tvorby. Současně došlo k orientaci přednášek z dějin umění a architektury k problematice současné tvorby, k posílení kvalifikovaného sboru externích pedagogů a konzultantů a k rozvoji vědeckých pracovišť v oborech teorie umění a restaurování výtvarných děl. Na těchto základech položených reformou v roce 1990 staví Akademie i dnes svou strategii a koncepci rozvoje.
 
Od 1. ledna 1999 působí Akademie výtvarných umění v Praze v duchu zákona č. 111/1998 Sb. o vysokých školách jako veřejná vysoká škola univerzitního typu. Uskutečňuje magisterské a doktorské programy v oblasti výtvarného umění, nových médií, restaurování výtvarných děl a architektury a v souvislosti s tím i vědeckou a uměleckou tvůrčí činnost. V kontextu domácím i zahraničním plní roli významné kulturní instituce, garantuje rozvoj vybraných oborů a podílí se na celoživotním vzdělávání a civilizačním rozvoji. Jako elitní a výběrová škola, poskytuje mimořádně talentovaným jedincům podmínky pro jejich tvůrčí rozvoj. Vedle umělecké tvůrčí činnosti, realizované převážně formou individuální ateliérové výuky, rozvíjí paralelně i teoretickou reflexi umělecké tvorby v kontaktu s aktuálními dobovými trendy. Snaží se přitom zahrnout veškeré spektrum dnešních uměleckých aktivit a umožnit svým posluchačům hledat sama sebe uvnitř prostupné struktury školy, mezi jednotlivými ateliéry, obory a osobnostmi. Akademie výtvarných umění v Praze rozvíjí otevřenou, pluralitní a flexibilní vnitřní strukturu a opírá se přitom o principy nezávislosti a tvůrčí svobody, zakotvené v samosprávě Akademické obce.