Výstava představuje středověkou tvář českého jihozápadu, jehož umělecká produkce měla jedinečnou ikonografii a styl. Projekt Gotika v jihozápadních Čechách navazuje na velmi úspěšnou výstavu Gotika v západních Čechách, která proběhla v roce 1995 v prostorách Západočeské galerie v Plzni a následně v Národní galerii v Praze, a také na výstavu Jihočeská pozdní gotika, která se uskutečnila v roce 1965 v Alšově jihočeské galerii v Hluboké nad Vltavou. Tyto projekty důkladně zpracovaly středověké umění jižní a západní části Čech, avšak jihozápadní region Pošumaví a Šumavy, vymezený oblastmi Klatovska, Horažďovicka, Sušicka a Kašperskohorska, byl zpracován pouze částečně. Jedná se o region, jemuž specifické okolnosti – kulturní a hospodářské dějiny, prolínání českého a německého osídlení, donátorská činnost rodu Švihovských, rodu Černínů z Chudenic, či horního města Kašperských Hor – vtiskly svébytný charakter. Výstava pracuje s časovým obdobím tzv. „dlouhého středověku“, který sahá až k období reformace v 16. století. Dochovaná středověká umělecká produkce převážně z 15. a 16. století vykazuje specifické rysy jak z hlediska ikonografie, tak i slohové orientace. V oblasti působila dílna jednoho z nejvýznamnějších sochařů počátku 16. století, tzv. Mistra zvíkovského Oplakávání, z jehož ruky, respektive z produkce dílny, vzešla řada oltářních soch pro jednotlivé kostely (Luby u Klatov, Kašperské Hory, Horažďovice). Unikátní soubor představuje nástěnná výmalba kostelů na Klatovsku (Luby, Křištín, Štěpánovice, Myslív, Chlístov) i dochované či rekonstruované oltářní retábly (velhartická archa, chudenická archa, tzv. menší kašperskohorská archa, archa z Rábí). Výstava zpracovává dochovaný umělecký fond v této oblasti a na základě průzkumu byla identifikována či dohledána i některá dosud neznámá či dnes nezvěstná díla.